オンラインで申し込んだら「申込書セット」は丸々余ってしまいます。
もちろんオンライン申し込みには「申込書セット」内の振込用紙の「申込書番号」が必要ですので、余った申込用紙をつかって別口で申し込みというのはできないでしょう。しかし、この番号でオンライン申し込みが済んでいるかは判りません。
そういうのを知らなければオンライン申し込みしてもう使えない申込書セットを、未使用と騙って譲るような人が出てくるかもしれませんね。
今の時期、そういう話が出たら念のため気をつけてくださいませ。
なお、コミケの申込書はオンライン申し込みのサイトで通信販売をしています(2月4日21時現在)(2月7日0時は完売となっていました)。2月8日発送なので締め切りはたぶんすぐです。それに時期的に通販で買うとオンライン申し込みしかできないかも。